I - órgão de assistência direta e imediata ao Presidente:

1. Gabinete - GABIN;
1.1. Divisão de Apoio Administrativo - DIAPO

II - órgãos seccionais:

1. Procuradoria Federal - PROFE
1.1. Divisão de Contencioso - DICON
1.2. Divisão de Consultoria Administrativa - DICAD
1.3. Serviço de Dívida Ativa - SEDAT

2. Auditoria Interna - AUDIT
2.1. Coordenação de Acompanhamento e Orientação - COORI
2.2. Divisão de Auditoria de Programas - DIVAP
2.3. Divisão de Controle Interna - DICIN
2.4. Divisão de Apoio Técnico-Administrativo - DIATA

3. Diretoria de Administração e Tecnologia - DIRAT
3.1. Coordenação-Geral de Gestão de Pessoas e Organização - CGPEO
3.1.1. Coordenação de Administração e Desenvolvimento de Pessoas - CODEP
3.1.1.1. Divisão de Cadastro e Pagamento - DICAP
3.1.1.2. Divisão de Benefícios - DIBEN
3.1.1.3. Divisão de Desenvolvimento e Avaliação - DIDAV
3.1.2. Divisão de Legislação Aplicada, Movimentação de Pessoas e Organização - DILEP
3.2. Coordenação-Geral de Recursos Logísticos - CGLOG
3.2.1. Coordenação de Compras e Contratos - COMPC
3.2.1.1. Divisão de Contratos Administrativos - DICOA
3.2.1.2. Divisão de Compras - DICOP
3.2.2. Coordenação de Logística e Documentação - COLOD
3.2.2.1. Divisão de Comunicações Administrativas - DICOM
3.2.2.2. Divisão de Serviços Gerais - DISEG
3.3. Coordenação-Geral de Tecnologia e Informação - CGETI
3.3.1. Coordenação de Recursos e Atividades Operacionais - CORAO
3.3.1.1. Divisão de Sistemas - DISIS
3.3.1.2. Divisão de Tecnologia - DITEC
3.3.1.3. Divisão de Apoio ao Usuário - DIAUS

4. Diretoria Financeira - DIFIN
4.1. Serviço Administrativo - SEAFI
4.2. Coordenação de Tomada de Contas Especial - COTCE
4.3. Coordenação-Geral de Execução e Operação Financeira - CGEOF
4.3.1. Divisão de Programação Financeira - DIPROF
4.3.2. Coordenação de Execução de Convênios e Transferências Automáticas - CECOV
4.3.3. Coordenação de Execução de Contratos - CECOT
4.4. Coordenação-Geral de Arrecadação, de Cobrança e de Inspeção - CGACI
4.4.1. Divisão de Análise de Defesa - DIADE
4.4.2. Coordenação de Arrecadação e Cobrança - COARC
4.4.3. Coordenação de Inspeção e Cadastro - COINS
4.4.3.1. Divisão de Inspeção - DINSP
4.4.3.2. Serviço de Cadastro - SECAD
4.5. Coordenação-Geral de Contabilidade e Acompanhamento de Prestação de Contas - CGCAP
4.5.1. Coordenação de Análise e Registros Contábeis - CORAC
4.5.1.1. Serviço de Contabilidade - SECON
4.5.2. Coordenação de Acompanhamento de Prestação de Contas - COAPC
4.5.2.1. Divisão de Relações Institucionais - DIREL
4.5.2.2. Divisão de Prestação de Contas - DIPRE
4.5.3. Divisão de Prestação de Contas de Rapasses Automáticos - DIPRA

5. Diretoria de Planejamento e Orçamento - DIPLO
5.1. Coordenação-Geral de Planejamento - CGPLA
5.1.1. Coordenação de Sistematização do Planejamento - COSIP
5.2. Coordenação-Geral de Orçamento - CGEOR
5.2.1. Coordenação de Programação e Execução Orçamentária - COPEO

III - órgãos específicos singulares:

1. Diretoria de Ações Educacionais - DIRAE
1.1. Serviço Administrativo - SERAE
1.2. Coordenação-Geral dos Programas do Livro - CGPLI
1.2.1. Coordenação Avaliação e Qualidade - COAVA
1.2.2. Coordenação Contratos e Convênios - COCEC
1.2.3. Coordenação Produção e Distribuição - COPED
1.3. Coordenação-Geral de Programas de Alimentação Escolar - CGPAE
1.3.1. Coordenação Técnica de Alimentação e Nutrição - COTAN
1.3.2. Coordenação de Execução e Acompanhamento - COEAC
1.4. Coordenação-Geral de Apoio à Manutenção Escolar - CGAME
1.4.1. Coordenação de Execução de Programas - COEXP
1.4.2. Coordenação de Acompanhamento de Programas - COACO
1.5. Coordenação de Monitoramento e Avaliação - COMAV

2. Diretoria de Programas e Projetos Educacionais - DIRPE
2.1. Serviço Administrativo - SERAP
2.2. Coordenação de Habilitação para Projetos Educacionais - COHAP
2.2.1. Divisão de Cadastro de Projetos e de Entidades - DICAE
2.2.2. Divisão de Habilitação e Cadastro Corporativo - DIHAC
2.3. Coordenação-Geral de Análise de Projetos - CGAAP
2.3.1. Coordenação de Acompanhamento e Avaliação de Programas - COAAP
2.4. Coordenação-Geral de Programas para o Desenvolvimento do Ensino - CGDEN
2.4.1. Coordenação de Análise, Monitoramento e Empenho de Projetos Educacionais - COAME
2.4.1.1. Divisão de Acompanhamento de Projetos Educacionais - DIAPE
2.4.2. Coordenação de Convênios - COVEN
2.4.2.1. Divisão de Acompanhamento de Convênios - DICOV
2.5. Coordenação-Geral de Programas de Saúde, Transporte e Uniforme Escolar - CGSUT
2.5.1. Coordenação de Execução dos Programas de Saúde, Uniforme e Transporte Escolar - COSUT

IV - órgão colegiado: Conselho Deliberativo - CEDEL