O FNDE paga bolsas a participantes dos seguintes programas:

• Programa Brasil Alfabetizado (PBA);
• Programa Nacional de Inclusão de Jovens (Projovem)
• Programa de Educação Tutorial
• Programa Bolsa Permanência
• E-tec Brasil;
• Formação pela Escola;
• Formação de Tutores;
• Pacto Nacional pela Alfabetização da Idade Certa – PNAIC;
• Pacto Nacional pelo Fortalecimento do Ensino Médio;
• Rede Nacional de Formação de Profissionais da Educação (Renafor)
• Saberes Indígenas na Escola;
• Conselhos Escolares;
• Escola Aberta*;
• Escola da Terra;
• Escola de gestores;
• Escolas Interculturais de Fronteiras;
• Gestar II;
• Mais Educação;
• Mais Leitura*;
• Mídias na Educação*;
• Programa de Apoio aos Dirigentes Municipais de Educação (Pradime) **;
• Pró-Conselho;
• Especialização em Educação Infantil (Proei);
• ProInfo;
• Projovem Campo – Ensino e Pesquisa;
• Proletramento*;
• Saúde na Escola.

* Programas executados até 2013 e inativos a partir de 2014.

** Programa que foi executado até 2014 e que está inativo a partir de 2015.

Atenção! Desde 2012 o FNDE não paga mais bolsas UAB. Quem paga bolsas UAB atualmente é a CAPES.